Ponzano è un paese arroccato su un colle dominante la valle del Tevere e pare che la sua origine sia proprio collegata al fiume, dove in passato era funzionante uno scalo, uno dei tanti porti fluviali di collegamento tra Roma e la campagna. Fino alla Seconda Guerra Mondiale c'era ancora in azione una vecchia "scafa", quasi un relitto del Medio Evo!

Il nome del paese deriverebbe secondo alcuni da "pons Jani", ponte di Giano o forse dalla "gens Pontia", famiglia romana proprietaria di una villa e di terreni nella zona. In effetti nei dintorni si sono ritrovate tracce di ville romane.